Efter borgerkrigen

Ved Københavns overgivelse i 1536 havde kongen betinget sig, at han skulle have herredømmet over byens befæstning, og at han skulle indsætte borgmestre og råd, som skulle være ham „tro og nyttige”. Begge dele blev permanente ordninger. Ingen af dem, der havde været medlemmer af magistraten under borgerkrigen, blev nogensinde optaget igen. Det vovelige eksperiment, Frederik 1. havde forsøgt i 1526 ved at give borgerne i København og Malmø ret til at vælge borgmestre og råd for at vinde disse byer for sig, havde haft alt for farlige konsekvenser.

Christian 3. opholdt sig meget lidt i København, og han indsatte en statholder her, et nyt embede der på en måde markerer Københavns status som hovedstad. Statholderen havde alle kongelige fuldmagter og var bystyrets overordnede. I Malmø fik kongen allerede i slutningen af 1536 byrådets samtykke til at genopføre Malmøhus. Det skete under indtryk af en stor mængde landsknægtes indkvartering i borgerhjemmene. Jørgen Kock kom nu til Malmø som kongens „befalingsmand” for at hans lokale anseelse kunne sikre fuld kontrol med byen. Han skulle forestå fæstningens genopførelse, og han lånte selv kongen penge til projektet. I 1540 blev han genindsat som borgmester. Han beklædte embedet til sin død i 1556.

I 1547 fik alle lensmænd besked på, at de skulle tage købstæderne i deres len i forsvar. De skulle sørge for, at borgere og øvrighed ikke blev forurettet, at kronens rettigheder ikke blev forsømt, og at byskatten hvert år blev indbetalt til rentekammeret. Det nye ved denne ordning beroede på lensmændenes nye stilling som kronens embedsmænd. Købstæderne stod nu direkte under kronen. Lensmanden var byens herskab på kongens vegne, og han skulle give den statsmagtens beskyttelse mod indre og ydre fjender. Ved dette skarpere tilsyn blev bystyret i stigende grad en kongelig embedsmyndighed. Borgmestrene blev som regel fortsat taget blandt rådets medlemmer, men borgernes og rådets indflydelse på valget faldt helt bort i løbet af århundredet.

I årene efter 1536 var der fortsat borgere, som havde svært ved at opgive ånden fra oprørets tid, og det var derfor påkrævet for regeringen at få et fast greb om byerne. I alle egne af landet hører vi om større og mindre uroligheder, undertiden fremkaldt af nye skatte- og toldpålæg som i 1547, da en lang række byer nægtede at betale afgift på tysk øl og studetold. Tilsyneladende gik konflikten oftest mellem borgere („menigheden”), og byens øvrighed. I Skælskør gjorde borgerne direkte oprør imod magistraten og slog bøddelen ihjel. I Næstved var der tilløb til opstand i 1553, hvor ophavsmændene idømtes strenge straffe. I Thisted opsagde menigheden året efter deres borgmestre lydigheden, og der synes at have hersket nærmest retsløse tilstande i byen. I 1561-62 var det galt i de skånske byer. Men voldsomst – eller bedst belyst i kilderne – var oprøret i Stubbekøbing i 1559. Her afsatte borgerne borgmestre, råd og byfoged og valgte nye, som de indsatte på rådhuset. Et udvalg på tre mænd skrev på menighedens vegne til kongen og bad om hans stadfæstelse. Borgerne indfandt sig flere gange på landstinget med „våben, værge, rør [geværer] og tændte lunter”. Oprørerne led nederlag, de blev alle dømt til døden af herredagen og hovedmændene henrettet.

Mange andre steder var der brydninger i købstæderne i disse år, uden at det kom til direkte opstand. Det kunne f.eks. dreje sig om byskattens fordeling, hvor de velhavende kredse, der beherskede rådene, benyttede magten til at begunstige sig selv i ekstrem grad. Efterhånden som forholdene stabiliseredes, blev de sociale forskelle stadig større. Befolkningstilvækst og prisstigning satte deres præg på byerne. København voksede til omkring 20.000 i 1600. Malmø, Ålborg, Helsingør og Odense nåede ved samme tid op på omkring 5000 indbyggere, og Århus og Ribe nærmede sig dette tal. Antallet af døde oversteg antallet af fødte i købstæderne, således at væksten kom fra landdistrikterne. De unge landboere, der tog til købstæderne, har i de allerfleste tilfælde kun kunnet få ansættelse som tjenestefolk eller ved ufaglært arbejde. Lidt bedre stillet var landhåndværkerne, som kunne håbe på, at deres faglige kvalifikationer kunne finde anvendelse i købstaden.

For købstæderne som helhed betød nederlaget i borgerkrigen således en indordning under den nye centralmagt og tab af enhver mulighed for at gøre sig gældende i den store politik. De bredere grupper af håndværkere, småhandlende og arbejdere blev efterhånden banket grundigt på plads. Centralmagten kunne også træde regulerende til i vanskelige situationer, som da kongen i vinteren 1573 under en akut kornmangel med meget høje priser beordrede stiftslensmændene og bisperne til at uddele korn til de fattige i købstæderne. Hele denne udvikling var ikke uden perspektiv for den overklasse, der regerede købstæderne, og navnlig for de dele af den, der forstod at læne sig til den nye statsmagt uden at behøve at frygte uro i de lavere lag.